一种用于鉴定高价值哮喘和过敏性CpG的功能基因组学途径
2024/01/25
摘要
背景：CpG二核苷酸胞嘧啶的DNA甲基化是一种广泛存在的表观遗传标记；但由于可变CpGs在商业高通量阵列上的代表性有限，全基因组变异一直相对未被探索。
目的：结合亚硫酸氢盐全基因组测序(WGBS)和基因调控区域的计算机证据，设计一种自定义的高价值CpGs阵列，以探索这一隐藏的表观基因组部分。我们将这些研究集中在患有和不患有过敏性哮喘的儿童的气道上皮细胞上，因为这些细胞介导了吸入的微生物、污染和过敏原对哮喘和过敏性疾病风险的影响。
方法：我们从39名欧洲和非洲血统的儿童鼻腔上皮细胞(NEC) DNA中鉴别出WGBS的差异甲基化区域(DMRs)。我们从DMRs、先前的过敏或哮喘表观基因组关联研究(EWAS)或全基因组关联研究(GWAS)位点中选择CpGs，并将它们与功能注释重叠，以包含在定制的哮喘和过敏阵列中。使用自定义和EPIC阵列，我们对URECA出生队列儿童NEC DNA的过敏致敏(AS)进行EWAS，并在INSPIRE出生队列中使用自定义阵列。我们将每个CpG序列分配到其最近的基因及其启动子捕获Hi-C相互作用基因，并对这两组基因进行了表达定量性状甲基化(eQTM)研究。
结果：与EPIC CpGs相比，自定义阵列CpGs富集于中间甲基化(IM)水平。在这两个阵列中，与AS和eQTM相关的IM CpGs进一步富集。
结论：我们的研究揭示了高价值CpGs的特征，以及AS EWAS位点基因的表观遗传调控的证据，这些基因对种族/民族、确定、年龄和地理位置都很强大。
文献来源：Andréanne Morin, et al. A Functional Genomics Pipeline to Identify High-Value Asthma and Allergy CpGs in the Human Methylome.J Allergy Clin Immunol. 2023 Feb 6; PMID: 36754293
背景：CpG二核苷酸胞嘧啶的DNA甲基化是一种广泛存在的表观遗传标记；但由于可变CpGs在商业高通量阵列上的代表性有限，全基因组变异一直相对未被探索。
目的：结合亚硫酸氢盐全基因组测序(WGBS)和基因调控区域的计算机证据，设计一种自定义的高价值CpGs阵列，以探索这一隐藏的表观基因组部分。我们将这些研究集中在患有和不患有过敏性哮喘的儿童的气道上皮细胞上，因为这些细胞介导了吸入的微生物、污染和过敏原对哮喘和过敏性疾病风险的影响。
方法：我们从39名欧洲和非洲血统的儿童鼻腔上皮细胞(NEC) DNA中鉴别出WGBS的差异甲基化区域(DMRs)。我们从DMRs、先前的过敏或哮喘表观基因组关联研究(EWAS)或全基因组关联研究(GWAS)位点中选择CpGs，并将它们与功能注释重叠，以包含在定制的哮喘和过敏阵列中。使用自定义和EPIC阵列，我们对URECA出生队列儿童NEC DNA的过敏致敏(AS)进行EWAS，并在INSPIRE出生队列中使用自定义阵列。我们将每个CpG序列分配到其最近的基因及其启动子捕获Hi-C相互作用基因，并对这两组基因进行了表达定量性状甲基化(eQTM)研究。
结果：与EPIC CpGs相比，自定义阵列CpGs富集于中间甲基化(IM)水平。在这两个阵列中，与AS和eQTM相关的IM CpGs进一步富集。
结论：我们的研究揭示了高价值CpGs的特征，以及AS EWAS位点基因的表观遗传调控的证据，这些基因对种族/民族、确定、年龄和地理位置都很强大。
文献来源：Andréanne Morin, et al. A Functional Genomics Pipeline to Identify High-Value Asthma and Allergy CpGs in the Human Methylome.J Allergy Clin Immunol. 2023 Feb 6; PMID: 36754293
（中国医科大学附属第一医院呼吸与危重症医学科 高与遥 孔灵菲）
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