新生儿DNA甲基化和哮喘在青春期和成年期早期的获得
2022/04/14
摘要
背景：关于新生儿DNA甲基化（DNAm）与青春期和成年早期哮喘获得的关系知之甚少。
目的：我们的目的是确定新生儿在青春期或成年早期患哮喘的表观遗传生物标志物。
方法：评估怀特岛出生队列（IOWBC）（n=1456）10岁、18岁和26岁的数据。为了筛选可能与哮喘获得相关的胞嘧啶磷酸鸟嘌呤位点（CpG），我们在基因组水平上使用dmrff R包检测差异甲基化区域（DMR），并使用线性回归分析这些关联的单个CpG位点。对于通过筛查的CpG，我们使用其定位基因检测其在生物途径中的富集程度，并使用逻辑回归测试其与哮喘获得的相关性IOWBC的研究结果在一个独立的队列中进行了检验，即英国Avon亲子纵向队列(ALSPAC) 。
结果：总共有2636个独特的CpG通过了筛查，在此基础上，我们确定了一个与女性青春期哮喘发病相关的生物学途径（FDR调整后的p值=0.003，IOWBC）。通过logistic回归分析，对于女性，4个CpGs与青春期哮喘发病相关，另外4个CpGs与青年期哮喘发病相关（在IOWBC中，FDR调整的p值<0.05），这8个CpGs在ALSPAC中重复（所有p值<0.05）。所有被鉴定的CpGs的DNAm均显示出时间上的一致性，其中6个CpGs与女性中邻近或定位基因的表达相关(所有p值均< 0.05)。对于男性，IOWBC中鉴定出622个CpG (FDR = 0.01)，而ALSPAC中由于样本量小未检测到。
结论：与临床相关:LHX5、IL22RA2、SOX11、CBX4、ACPT、CFAP46、MUC4和ATP1B2基因上的8个CpGs有可能成为新生儿中青春期或成年早期女性哮喘获得的候选表观遗传生物标志物。
文献来源：Liang Li, et al., Newborn DNA methylation and asthma acquisition across adolescence and early adulthood.Liang Li, et al., Clin Exp Allergy 2022 Jan 7.
背景：关于新生儿DNA甲基化（DNAm）与青春期和成年早期哮喘获得的关系知之甚少。
目的：我们的目的是确定新生儿在青春期或成年早期患哮喘的表观遗传生物标志物。
方法：评估怀特岛出生队列（IOWBC）（n=1456）10岁、18岁和26岁的数据。为了筛选可能与哮喘获得相关的胞嘧啶磷酸鸟嘌呤位点（CpG），我们在基因组水平上使用dmrff R包检测差异甲基化区域（DMR），并使用线性回归分析这些关联的单个CpG位点。对于通过筛查的CpG，我们使用其定位基因检测其在生物途径中的富集程度，并使用逻辑回归测试其与哮喘获得的相关性IOWBC的研究结果在一个独立的队列中进行了检验，即英国Avon亲子纵向队列(ALSPAC) 。
结果：总共有2636个独特的CpG通过了筛查，在此基础上，我们确定了一个与女性青春期哮喘发病相关的生物学途径（FDR调整后的p值=0.003，IOWBC）。通过logistic回归分析，对于女性，4个CpGs与青春期哮喘发病相关，另外4个CpGs与青年期哮喘发病相关（在IOWBC中，FDR调整的p值<0.05），这8个CpGs在ALSPAC中重复（所有p值<0.05）。所有被鉴定的CpGs的DNAm均显示出时间上的一致性，其中6个CpGs与女性中邻近或定位基因的表达相关(所有p值均< 0.05)。对于男性，IOWBC中鉴定出622个CpG (FDR = 0.01)，而ALSPAC中由于样本量小未检测到。
结论：与临床相关:LHX5、IL22RA2、SOX11、CBX4、ACPT、CFAP46、MUC4和ATP1B2基因上的8个CpGs有可能成为新生儿中青春期或成年早期女性哮喘获得的候选表观遗传生物标志物。
文献来源：Liang Li, et al., Newborn DNA methylation and asthma acquisition across adolescence and early adulthood.Liang Li, et al., Clin Exp Allergy 2022 Jan 7.
（中国医科大学附属第一医院 呼吸与危重症医学科 高与遥 孔灵菲）
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