鼻转录组图谱的网络研究揭示哮喘的主调节基因
2020/11/11
摘要
背景:鼻转录组学为哮喘病理学提供了一个可行的窗口。
目的:我们的目的是超越哮喘的基因特征，来识别与哮喘表型相关的因果调控基因的主调节基因。
方法:我们招募了156个有严重持续性哮喘的儿童和对照组进行鼻转录组图谱，应用基于网络的和概率因果的方法来识别严重哮喘基因和主调节基因。然后我们对独立的190个成年轻/重度哮喘患者的队列和对照组使用相同的方式，来识别轻/中度哮喘基因和主调节基因。对独立的重度哮喘患儿和轻/中度哮喘患者的主调节基因进行比较分析和验证测试。
结果:识别了严重持续性哮喘和轻/中度持续性哮喘的鼻基因特征；发现两者都富集在纤毛功能和炎症反应的共表达网络模块。通过对这些基因特征应用概率因果方法，对独立队列验证测试，我们识别了一个在不同严重度和不同年龄共有的主调节基因（FOXJ1）；儿童严重持续哮喘的主调节基因（LRRC23、TMEM231、CAPS、PTPRC、FYB）；儿童和成人轻/中度持续哮喘主调节基因（C1orf38和FMNL1）。统计推断得出，识别的主调节基因因果地调节下游基因的表达，这些基因调节纤毛功能和炎症反应来影响哮喘。
结论:识别的哮喘主调节基因为进一步揭示哮喘机制和治疗提供了全新的方式 。
文献来源：Network study of nasal transcriptome profiles reveals master regulator genes of asthma. Anh N. Do et al. J Allergy Clin Immunol 2020 Aug 19
背景:鼻转录组学为哮喘病理学提供了一个可行的窗口。
目的:我们的目的是超越哮喘的基因特征，来识别与哮喘表型相关的因果调控基因的主调节基因。
方法:我们招募了156个有严重持续性哮喘的儿童和对照组进行鼻转录组图谱，应用基于网络的和概率因果的方法来识别严重哮喘基因和主调节基因。然后我们对独立的190个成年轻/重度哮喘患者的队列和对照组使用相同的方式，来识别轻/中度哮喘基因和主调节基因。对独立的重度哮喘患儿和轻/中度哮喘患者的主调节基因进行比较分析和验证测试。
结果:识别了严重持续性哮喘和轻/中度持续性哮喘的鼻基因特征；发现两者都富集在纤毛功能和炎症反应的共表达网络模块。通过对这些基因特征应用概率因果方法，对独立队列验证测试，我们识别了一个在不同严重度和不同年龄共有的主调节基因（FOXJ1）；儿童严重持续哮喘的主调节基因（LRRC23、TMEM231、CAPS、PTPRC、FYB）；儿童和成人轻/中度持续哮喘主调节基因（C1orf38和FMNL1）。统计推断得出，识别的主调节基因因果地调节下游基因的表达，这些基因调节纤毛功能和炎症反应来影响哮喘。
结论:识别的哮喘主调节基因为进一步揭示哮喘机制和治疗提供了全新的方式 。
文献来源：Network study of nasal transcriptome profiles reveals master regulator genes of asthma. Anh N. Do et al. J Allergy Clin Immunol 2020 Aug 19
（中国医科大学附属一院 赵杰禹 苏新明）
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