基因分析发现GSDMB与哮喘严重程度、病情加重和抗病毒途径有关
2020/11/11
摘要
背景:Chr17q12-21.2区域是与哮喘易感性关系最强最一致的区域。由于连接不平衡，功能基因或单核苷酸多态性（SNPs）不明显。
目的:在严重哮喘研究项目中（SARP），全面研究来自人支气管上皮细胞（BEC）的全基因组序列和RNA序列，仔细分析哮喘严重程度的功能基因/SNPs。
方法：重复对BEC进行eQTL分析（n=114）、基因表达和哮喘表型的相关性分析（n=156）以及路径分析。进行哮喘严重度（426个重度哮喘531个非重度哮喘）和纵向的哮喘急性发作的基因关联。
结果:GSDMB的多个SNPs与哮喘严重度（优势比>1.25）和纵向哮喘急性发作(p<0.05)相关。eQTL分析识别多个与PGAP3、GSDMB、GSDMA表达水平相关的SNPs（3.1×10 -9<p<1.8×10 -4）。GSDMB高表达水平与哮喘和多次急性发作相关（p<0.05）。GSDMB表达水平与干扰素信号、MHC I类抗原提呈、免疫系统通路的基因相关（FDR-p<0.05）。GSDMB的rs1031458和rs3902920与干扰素调控因子（IRF）结合位点相关，也与GSDMB表达、哮喘严重程度、哮喘急性发作相关（p<0.05）。
结论:通过使用来自特征全面的哮喘受试者支气管镜检的肺细胞独特的基因表达数据，我们发现GSDBM的SNPs与哮喘严重度、急性发作和GSDMB表达水平相关。此外，它的表达水平与哮喘急性发作和抗病毒通路相关。因此，GSDMB是哮喘易感性和严重程度的功能基因。
文献来源：Genetic analyses identify GSDMB associated with asthma severity, exacerbations, and antiviral pathways. Xingnan Li et al. J Allergy Clin Immunol 2020 Aug 11
背景:Chr17q12-21.2区域是与哮喘易感性关系最强最一致的区域。由于连接不平衡，功能基因或单核苷酸多态性（SNPs）不明显。
目的:在严重哮喘研究项目中（SARP），全面研究来自人支气管上皮细胞（BEC）的全基因组序列和RNA序列，仔细分析哮喘严重程度的功能基因/SNPs。
方法：重复对BEC进行eQTL分析（n=114）、基因表达和哮喘表型的相关性分析（n=156）以及路径分析。进行哮喘严重度（426个重度哮喘531个非重度哮喘）和纵向的哮喘急性发作的基因关联。
结果:GSDMB的多个SNPs与哮喘严重度（优势比>1.25）和纵向哮喘急性发作(p<0.05)相关。eQTL分析识别多个与PGAP3、GSDMB、GSDMA表达水平相关的SNPs（3.1×10 -9<p<1.8×10 -4）。GSDMB高表达水平与哮喘和多次急性发作相关（p<0.05）。GSDMB表达水平与干扰素信号、MHC I类抗原提呈、免疫系统通路的基因相关（FDR-p<0.05）。GSDMB的rs1031458和rs3902920与干扰素调控因子（IRF）结合位点相关，也与GSDMB表达、哮喘严重程度、哮喘急性发作相关（p<0.05）。
结论:通过使用来自特征全面的哮喘受试者支气管镜检的肺细胞独特的基因表达数据，我们发现GSDBM的SNPs与哮喘严重度、急性发作和GSDMB表达水平相关。此外，它的表达水平与哮喘急性发作和抗病毒通路相关。因此，GSDMB是哮喘易感性和严重程度的功能基因。
文献来源：Genetic analyses identify GSDMB associated with asthma severity, exacerbations, and antiviral pathways. Xingnan Li et al. J Allergy Clin Immunol 2020 Aug 11
（中国医科大学附属一院 赵杰禹 苏新明）
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