患有哮喘的非洲裔个体中HLA-DRB1*09:01与血清总IgE水平的关联
2020/03/27
摘要
背景：哮喘是一种复杂的气道慢性炎症性疾病。HLA与哮喘之间的关联性研究在1970年初首次被报道，但HLA等位基因在哮喘中的确切作用尚不完全清楚。最近在哮喘上进行了大量的全基因组关联研究，但总是局限于简单的遗传标记（SNPs）和不复杂的HLA基因多态性（等位基因/单倍型），因此没有捕捉到对哮喘发病机制的复杂基因位点的生物学相关性。
目标：为了在一大量非洲血统个体中，进行哮喘和特定哮喘相关表型的首个以HLA为中心的关联研究。
方法：我们收集了CAAPA受试者（美洲非裔人口哮喘联盟，N = 4,993）的高密度基因组学数据。我们使用密集型计算机机器学习属性装袋方法来推断HLA等位基因，并使用Easy-HLA来推断HLA 5基因单倍型，对哮喘和非哮喘受试者的哮喘易感性和总血清IgE水平（tIgE）进行了一项高通量的以HLA为中心的相关性研究。
结果：在1,607名哮喘患者中，有972名具有有效的的tIgE水平，平均tIgE水平为198.7 IU.ml-1。我们无法确定与哮喘易感性的任何关联。但是，我们发现HLA-DRB1 * 09：01与tIgE水平升高有关联（P = 8.5x10-4，加权效应值为0.51 [0.15-0.87]）。
结论：我们首次在非裔哮喘患者中发现了与tIgE水平相关的HLA等位基因。我们的报告强调，通过利用强大的计算机学习方法，特定/极端表型和种群多样性，我们可以深入探索HLA基因多态性并揭示复杂疾病关联分析的完整范围。
文献来源：Association of HLA-DRB1*09:01 with tIgE levels among African ancestry individuals with asthma. Vince N et al. J Allergy Clin Immunol. 2020 Jan 22
背景：哮喘是一种复杂的气道慢性炎症性疾病。HLA与哮喘之间的关联性研究在1970年初首次被报道，但HLA等位基因在哮喘中的确切作用尚不完全清楚。最近在哮喘上进行了大量的全基因组关联研究，但总是局限于简单的遗传标记（SNPs）和不复杂的HLA基因多态性（等位基因/单倍型），因此没有捕捉到对哮喘发病机制的复杂基因位点的生物学相关性。
目标：为了在一大量非洲血统个体中，进行哮喘和特定哮喘相关表型的首个以HLA为中心的关联研究。
方法：我们收集了CAAPA受试者（美洲非裔人口哮喘联盟，N = 4,993）的高密度基因组学数据。我们使用密集型计算机机器学习属性装袋方法来推断HLA等位基因，并使用Easy-HLA来推断HLA 5基因单倍型，对哮喘和非哮喘受试者的哮喘易感性和总血清IgE水平（tIgE）进行了一项高通量的以HLA为中心的相关性研究。
结果：在1,607名哮喘患者中，有972名具有有效的的tIgE水平，平均tIgE水平为198.7 IU.ml-1。我们无法确定与哮喘易感性的任何关联。但是，我们发现HLA-DRB1 * 09：01与tIgE水平升高有关联（P = 8.5x10-4，加权效应值为0.51 [0.15-0.87]）。
结论：我们首次在非裔哮喘患者中发现了与tIgE水平相关的HLA等位基因。我们的报告强调，通过利用强大的计算机学习方法，特定/极端表型和种群多样性，我们可以深入探索HLA基因多态性并揭示复杂疾病关联分析的完整范围。
文献来源：Association of HLA-DRB1*09:01 with tIgE levels among African ancestry individuals with asthma. Vince N et al. J Allergy Clin Immunol. 2020 Jan 22
(中国医科大学附属一院 苏新明）
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