基因调控网络差异连通性分析可识别哮喘对激素的反应性
2018/03/19
摘要
背景：药物反应的个体差异阻碍了我们在治疗包括哮喘在内的许多复杂疾病中取得很好的药物疗效。遗传学在计算药物反应的个体间差异方面起着重要作用。然而，目前仍然缺乏系统的方法来阐明遗传因素及其调控分子如何决定哮喘治疗中药物反应的变异。
方法：我们使用PANDA（传递数据同化网络之间的属性）构建基于145名参与儿童哮喘管理队列（CAMP）的高加索哮喘儿童的亚组与有效反应者和吸入皮质类固醇不良反应者相关的基因调控网络。 PANDA利用基因表达谱和已知的基因、转录因子（TF）和蛋白质之间的关系来构建TF和基因的定向网络。我们评估了良好应答者与不良应答者的基因调控网络的差异连接。
结果：与不良反应者相比，良好反应者网络具有不同的连接性和不同的本体（例如，良好反应者网络中富含的促凋亡，反应不良网络中富含的抗凋亡）。许多与临床应答相关的关键中心也是细胞应答中心。功能验证表明，siRNA敲除两个TFs后，良好应答者与反应不良者的皮质类固醇处理的细胞活力的差异消失，以及差异的下游表达。
结论：我们已确定并验证了影响哮喘治疗反应的多种转录因子。我们的研究结果表明，差异连接分析可以为药物治疗效果的异质性提供新的见解。
文献来源：Qiu W et al. Differential Connectivity of Gene Regulatory Networks Distinguishes Corticosteroid Response in Asthma J Allergy ClinImmunol. 2017 Jul 20.
背景：药物反应的个体差异阻碍了我们在治疗包括哮喘在内的许多复杂疾病中取得很好的药物疗效。遗传学在计算药物反应的个体间差异方面起着重要作用。然而，目前仍然缺乏系统的方法来阐明遗传因素及其调控分子如何决定哮喘治疗中药物反应的变异。
方法：我们使用PANDA（传递数据同化网络之间的属性）构建基于145名参与儿童哮喘管理队列（CAMP）的高加索哮喘儿童的亚组与有效反应者和吸入皮质类固醇不良反应者相关的基因调控网络。 PANDA利用基因表达谱和已知的基因、转录因子（TF）和蛋白质之间的关系来构建TF和基因的定向网络。我们评估了良好应答者与不良应答者的基因调控网络的差异连接。
结果：与不良反应者相比，良好反应者网络具有不同的连接性和不同的本体（例如，良好反应者网络中富含的促凋亡，反应不良网络中富含的抗凋亡）。许多与临床应答相关的关键中心也是细胞应答中心。功能验证表明，siRNA敲除两个TFs后，良好应答者与反应不良者的皮质类固醇处理的细胞活力的差异消失，以及差异的下游表达。
结论：我们已确定并验证了影响哮喘治疗反应的多种转录因子。我们的研究结果表明，差异连接分析可以为药物治疗效果的异质性提供新的见解。
文献来源：Qiu W et al. Differential Connectivity of Gene Regulatory Networks Distinguishes Corticosteroid Response in Asthma J Allergy ClinImmunol. 2017 Jul 20.
（中国医科大学附属一院呼吸与危重症科 付悦 孔灵菲）
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