2型生物标志物低重度哮喘和哮喘控制中的血液转录组学特征
2023/08/23
摘要
背景：尽管用皮质类固醇(CS)抑制了T2炎症，2型(T2)细胞因子低的重度哮喘患者经常有持续的症状。
目的：分析738例T2生物标志物高/低严重哮喘患者的全血转录组，以将转录组标签与T2生物标志物和哮喘症状评分联系起来。
方法：对301名重度哮喘CS优化随机临床试验参与者的血液样本(基线，第24周，第48周)进行批量RNA-seq数据生成。进行无监督聚类分析、差异基因表达分析和通路分析。患者根据T2生物标志物状态和症状分组。研究与生物标志物和症状水平相关的差异表达基因(DEGs)与临床特征的关系。
结果：无监督聚类识别出两个聚类;第2类患者为血嗜酸性粒细胞低/症状高，更可能接受口服CS (OCS)治疗。对这些基因簇进行的差异基因表达分析，在对OCS进行分层和未分层的情况下，分别鉴定出2,960个和4,162个DEGs。通过减去OCS特征基因校正OCS后，仍有627/2,960个基因。通路分析确定了甲基二磷酸低聚糖的生物合成和RNA聚合酶I复合物的组装是显著富集的通路。在T2生物标志物水平低的患者中，没有稳定的DEGs与高症状相关，但有许多DEGs与T2生物标志物升高相关，包括15个在所有时间点(不论症状水平如何)均上调的DEGs。
结论：OCS对全血转录组有显著影响。DEG分析显示了明确的T2生物标志物转录组标签，但在T2生物标志物低的患者(包括高症状负荷的患者)中未发现标签。
文献来源：Xue Zeng, et al. Blood transcriptomic signature in type-2 biomarker low severe asthma and asthma Control.JACI. 2023 Jun.11 PMID: 37315813
背景：尽管用皮质类固醇(CS)抑制了T2炎症，2型(T2)细胞因子低的重度哮喘患者经常有持续的症状。
目的：分析738例T2生物标志物高/低严重哮喘患者的全血转录组，以将转录组标签与T2生物标志物和哮喘症状评分联系起来。
方法：对301名重度哮喘CS优化随机临床试验参与者的血液样本(基线，第24周，第48周)进行批量RNA-seq数据生成。进行无监督聚类分析、差异基因表达分析和通路分析。患者根据T2生物标志物状态和症状分组。研究与生物标志物和症状水平相关的差异表达基因(DEGs)与临床特征的关系。
结果：无监督聚类识别出两个聚类;第2类患者为血嗜酸性粒细胞低/症状高，更可能接受口服CS (OCS)治疗。对这些基因簇进行的差异基因表达分析，在对OCS进行分层和未分层的情况下，分别鉴定出2,960个和4,162个DEGs。通过减去OCS特征基因校正OCS后，仍有627/2,960个基因。通路分析确定了甲基二磷酸低聚糖的生物合成和RNA聚合酶I复合物的组装是显著富集的通路。在T2生物标志物水平低的患者中，没有稳定的DEGs与高症状相关，但有许多DEGs与T2生物标志物升高相关，包括15个在所有时间点(不论症状水平如何)均上调的DEGs。
结论：OCS对全血转录组有显著影响。DEG分析显示了明确的T2生物标志物转录组标签，但在T2生物标志物低的患者(包括高症状负荷的患者)中未发现标签。
文献来源：Xue Zeng, et al. Blood transcriptomic signature in type-2 biomarker low severe asthma and asthma Control.JACI. 2023 Jun.11 PMID: 37315813
（中国医科大学附属第一医院呼吸与危重症医学科 高与遥 孔灵菲）
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