利用分离人群发现哮喘代谢物数量性状基因座
2022/03/03
摘要
背景：代谢组学与遗传学的整合可能促进对疾病发病机制的理解，但尚未在哮喘遗传学研究中充分利用。
目的：我们的目标是通过整合同质人群中的代谢组发现哮喘中新的遗传效应并描述哮喘遗传风险的分子学影响。
方法：使用非靶向代谢组学对来自丹吉尔岛348名居民的空腹血清样本中的2612种化合物进行量化。采用Illumina公司的MEGA阵列输入到TOPMed参考面板进行基因分型。为了对全基因组关联分析(GWAS)的代谢物进行优先排序，选择GWAS中遗传度q值<0.01的哮喘相关代谢物进行了一项哮喘全代谢组关联研究。此外，我们还测试了英国生物样本库中所有代谢物与先前和哮喘相关的8451个候选哮喘SNP之间的关联，我们通过共定位分析对代谢物和哮喘的共同遗传信号进行了特征描述，从而跟踪了显著的相关性。
结果：60种代谢物与哮喘相关(p<0.01)，包括GWAS检测的40种遗传代谢物。我们在 VNN1 的 6 号染色体上观察到内源性大麻素亚油酰乙醇酰胺的强关联峰（p<2.7E-9）。我们发现了强有力的证据（共定位后验概率>75%）证明了三种代谢物和哮喘之间存在共同的因果变异，包括LPP中的多胺酸异构体和变异体，以及chr10p14中的衍生物白三烯B4和基因间变异体。
结论：我们确定了与哮喘相关的新的代谢物数量性状基因座。确认和描述这些基因驱动代谢物可能有助于深入了解哮喘中遗传风险因素的功能影响。
文献来源：Discovering metabolite quantitative trait loci in asthma using an isolated population. Randi K. Johnson et al. 2021 Nov. 12
背景：代谢组学与遗传学的整合可能促进对疾病发病机制的理解，但尚未在哮喘遗传学研究中充分利用。
目的：我们的目标是通过整合同质人群中的代谢组发现哮喘中新的遗传效应并描述哮喘遗传风险的分子学影响。
方法：使用非靶向代谢组学对来自丹吉尔岛348名居民的空腹血清样本中的2612种化合物进行量化。采用Illumina公司的MEGA阵列输入到TOPMed参考面板进行基因分型。为了对全基因组关联分析(GWAS)的代谢物进行优先排序，选择GWAS中遗传度q值<0.01的哮喘相关代谢物进行了一项哮喘全代谢组关联研究。此外，我们还测试了英国生物样本库中所有代谢物与先前和哮喘相关的8451个候选哮喘SNP之间的关联，我们通过共定位分析对代谢物和哮喘的共同遗传信号进行了特征描述，从而跟踪了显著的相关性。
结果：60种代谢物与哮喘相关(p<0.01)，包括GWAS检测的40种遗传代谢物。我们在 VNN1 的 6 号染色体上观察到内源性大麻素亚油酰乙醇酰胺的强关联峰（p<2.7E-9）。我们发现了强有力的证据（共定位后验概率>75%）证明了三种代谢物和哮喘之间存在共同的因果变异，包括LPP中的多胺酸异构体和变异体，以及chr10p14中的衍生物白三烯B4和基因间变异体。
结论：我们确定了与哮喘相关的新的代谢物数量性状基因座。确认和描述这些基因驱动代谢物可能有助于深入了解哮喘中遗传风险因素的功能影响。
文献来源：Discovering metabolite quantitative trait loci in asthma using an isolated population. Randi K. Johnson et al. 2021 Nov. 12
（中国医科大学附属一院呼吸与危重症医学科 赵杰禹 苏新明）
