GWAS鉴定的SNP通过DNA甲基化和气道上皮中cis-基因的表达影响哮喘风险
2020/03/02
摘要
跨国哮喘遗传联盟(TAGC)确定了878个与哮喘相关的SNP。我们假设这些SNP通过调节气道上皮基因表达来影响哮喘风险，并进行了表达数量性状位点(EQTL)和中介分析，以确定在波多黎各患有哮喘（n=228）和不患有哮喘（n=241）儿童中SNP与鼻(气道)上皮顺式基因(在1 Mb内)表达水平之间的直接关联。然后，我们测试了与TAGC SNPs相关的基因在特应性哮喘中的差异表达(DE)。我们发现418个TAGC SNPs与55个顺式基因的表达之间有1150个直接关联。大多数SNP调控远距离顺式基因(平均距离∼200kb）。我们的中介分析表明，5119个(直接和间接)SNP基因表达关联中的4571个(89.2%)是由甲基化介导的。在114个与TAGC SNPs相关的基因中，54个是特应性哮喘的DE基因，包括新的和以前报道的基因。在72名非洲裔美国儿童的独立队列中，54个DE基因中有50个是可获得的，21个(42%)在特应性哮喘中也是DE。因此，我们表明许多TAGC SNPs与气道上皮中远距离顺式基因的表达有关，并且这主要是由DNA甲基化介导的。此外，在气道上皮细胞中表达与TAGC SNPs相关的基因中，近一半在特应性哮喘中也是DE。我们的发现支持气道上皮基因表达调控在儿童特应性哮喘中的关键作用。
文献来源： SNPs identified by GWAS affect asthma risk through DNA methylation and expression of cis-genes in airway epithelium. Soyeon Kim,et al,Eur Respir J. 2019 Dec 12
跨国哮喘遗传联盟(TAGC)确定了878个与哮喘相关的SNP。我们假设这些SNP通过调节气道上皮基因表达来影响哮喘风险，并进行了表达数量性状位点(EQTL)和中介分析，以确定在波多黎各患有哮喘（n=228）和不患有哮喘（n=241）儿童中SNP与鼻(气道)上皮顺式基因(在1 Mb内)表达水平之间的直接关联。然后，我们测试了与TAGC SNPs相关的基因在特应性哮喘中的差异表达(DE)。我们发现418个TAGC SNPs与55个顺式基因的表达之间有1150个直接关联。大多数SNP调控远距离顺式基因(平均距离∼200kb）。我们的中介分析表明，5119个(直接和间接)SNP基因表达关联中的4571个(89.2%)是由甲基化介导的。在114个与TAGC SNPs相关的基因中，54个是特应性哮喘的DE基因，包括新的和以前报道的基因。在72名非洲裔美国儿童的独立队列中，54个DE基因中有50个是可获得的，21个(42%)在特应性哮喘中也是DE。因此，我们表明许多TAGC SNPs与气道上皮中远距离顺式基因的表达有关，并且这主要是由DNA甲基化介导的。此外，在气道上皮细胞中表达与TAGC SNPs相关的基因中，近一半在特应性哮喘中也是DE。我们的发现支持气道上皮基因表达调控在儿童特应性哮喘中的关键作用。
文献来源： SNPs identified by GWAS affect asthma risk through DNA methylation and expression of cis-genes in airway epithelium. Soyeon Kim,et al,Eur Respir J. 2019 Dec 12
（中国医科大学附属一院 苏新明）
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