新型基于血液的转录生物标志物预测晚期哮喘反应
2018/01/15
摘要
研究背景：变应原吸入激发试验用于临床试验以测试新疗法在减轻过敏性哮喘患者的晚期哮喘反应（LAR）和相关气道炎症中的功效。 然而，并不是所有患有变应性哮喘的受试者在吸入过敏原后都发生LAR。基于血液的转录生物标志物可以识别这些个体，帮助招募临床试验的受试者，并提供新颖的分子见解。
实验目的：识别能预测个体对过敏原吸入反应的基于血液的转录生物标志物。
实验方法：我们分别对36名受试者过敏原激发前后收集的全血RNA进行测序，并合成genome-guided 和de novo序列：UCSC，UCSC-isoforms,Ensembl and Trinity.在33名受试者的独立队列中使用Nano String平台验证候选生物标志物组。
测量和主要结果：包含已知和新型生物标志物转录物的Trinity生物标志物组在发现和验证队列中均具有大于0.70的AUROC。激发不同反应的受试者和反复过敏原吸入刺激引起双重反应的受试者，Trinity生物标志物组对于预测这些受试者的反应是有用的（前者准确度在0.65-0.71之间，后者准确度在0.70-0.75之间）。
结论：有趣的是，与已知的、比较明确的基因组相比，含有新转录本的生物标志物已成功验证。这些生物标志物 - 血液测试可以用于鉴别发展为LAR的哮喘受试者，还可能发展成新的治疗靶点。
文献来源：Singh A et al. Novel Blood-based Transcriptional Biomarker Panels Predict the Late Phase Asthmatic Response.Am J RespirCrit Care Med. 2017 Oct 31
研究背景：变应原吸入激发试验用于临床试验以测试新疗法在减轻过敏性哮喘患者的晚期哮喘反应（LAR）和相关气道炎症中的功效。 然而，并不是所有患有变应性哮喘的受试者在吸入过敏原后都发生LAR。基于血液的转录生物标志物可以识别这些个体，帮助招募临床试验的受试者，并提供新颖的分子见解。
实验目的：识别能预测个体对过敏原吸入反应的基于血液的转录生物标志物。
实验方法：我们分别对36名受试者过敏原激发前后收集的全血RNA进行测序，并合成genome-guided 和de novo序列：UCSC，UCSC-isoforms,Ensembl and Trinity.在33名受试者的独立队列中使用Nano String平台验证候选生物标志物组。
测量和主要结果：包含已知和新型生物标志物转录物的Trinity生物标志物组在发现和验证队列中均具有大于0.70的AUROC。激发不同反应的受试者和反复过敏原吸入刺激引起双重反应的受试者，Trinity生物标志物组对于预测这些受试者的反应是有用的（前者准确度在0.65-0.71之间，后者准确度在0.70-0.75之间）。
结论：有趣的是，与已知的、比较明确的基因组相比，含有新转录本的生物标志物已成功验证。这些生物标志物 - 血液测试可以用于鉴别发展为LAR的哮喘受试者，还可能发展成新的治疗靶点。
文献来源：Singh A et al. Novel Blood-based Transcriptional Biomarker Panels Predict the Late Phase Asthmatic Response.Am J RespirCrit Care Med. 2017 Oct 31
（中国医科大学附属第一医院呼吸与危重症学科 付悦 孔灵菲）
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