全基因组关联研究证明空气污染促进儿童哮喘发生-长期的随访研究
2016/12/27
背景及目的：交通相关的空气污染是否与儿童哮喘发生有关尚不确切，研究提示这可能与遗传因素有关。本研究应用全基因组SNP交互作用研究空气污染对儿童哮喘的影响，对发现的基因位点进一步用表观遗传学和转录组进行验证。
方法：本研究采用土地利用回归（Land-use Regression，LUR）模型在三个欧洲出生队列中(n=1,534)来评估个体出生地空气污染暴露(使用室外NO2水平)，通过全基因组交互作用研究来探讨环境对8岁时医生诊断哮喘的影响，并进一步在两个独立北美队研究中[CHS和CAPPS/SAGE (样本分别为n=1,602和186)]进行验证。本研究也在人肺样本、血以及空气污染暴露、甲基化及转录组学类型之间的关联方面评估表达数量性状基因座（expression Quantitative Trait Loci,eQTL）的效果。
结果：在欧洲队列中，证明186个SNPs存在相互作用（P<0.0001），并在大型CHS研究中证实四个等位基因中8个SNPs（P<0.05），但这在CAPPS/SAGE队列中未予证实。ADCY2中三个SNPs表现为同样的相互作用效果，并且在外周血发现这可以影响基因的表达（P<0.001）。另外在CHS研究还证明有一个SNP： rs686237存在相互作用（p<0.05） ，其对肺组织B4GALT5 表达存在显著影响(p=1.18x10-17) 。空气污染暴露与不同的DLG2甲基化及表达有关。
结论：本研究证明基因与环境相互作用对哮喘发生非常重要，并且为空气污染和ADCY2，B4GALT5及DLG2相互作用提供支持性证据
关键词：全基因组交互作用研究，甲基化，基因表达，eQTL ，儿童
文献来源：Gref A, Kebede Merid S, Gruzieva O, et al. Genome-wide Interaction Analysis of Air Pollution Exposure and Childhood Asthma with Functional Follow-up. Am J Respir Crit Care Med. 2016 Nov 30. [Epub ahead of print]
方法：本研究采用土地利用回归（Land-use Regression，LUR）模型在三个欧洲出生队列中(n=1,534)来评估个体出生地空气污染暴露(使用室外NO2水平)，通过全基因组交互作用研究来探讨环境对8岁时医生诊断哮喘的影响，并进一步在两个独立北美队研究中[CHS和CAPPS/SAGE (样本分别为n=1,602和186)]进行验证。本研究也在人肺样本、血以及空气污染暴露、甲基化及转录组学类型之间的关联方面评估表达数量性状基因座（expression Quantitative Trait Loci,eQTL）的效果。
结果：在欧洲队列中，证明186个SNPs存在相互作用（P<0.0001），并在大型CHS研究中证实四个等位基因中8个SNPs（P<0.05），但这在CAPPS/SAGE队列中未予证实。ADCY2中三个SNPs表现为同样的相互作用效果，并且在外周血发现这可以影响基因的表达（P<0.001）。另外在CHS研究还证明有一个SNP： rs686237存在相互作用（p<0.05） ，其对肺组织B4GALT5 表达存在显著影响(p=1.18x10-17) 。空气污染暴露与不同的DLG2甲基化及表达有关。
结论：本研究证明基因与环境相互作用对哮喘发生非常重要，并且为空气污染和ADCY2，B4GALT5及DLG2相互作用提供支持性证据
关键词：全基因组交互作用研究，甲基化，基因表达，eQTL ，儿童
文献来源：Gref A, Kebede Merid S, Gruzieva O, et al. Genome-wide Interaction Analysis of Air Pollution Exposure and Childhood Asthma with Functional Follow-up. Am J Respir Crit Care Med. 2016 Nov 30. [Epub ahead of print]
（南方医科大学南方医院 赵海金）
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