顺式和反式eQTM分析揭示了气道上皮中特应性哮喘的新表观遗传学和转录组免疫标志物
2023/08/23
摘要
背景：表达数量性状甲基化(Expression quantitative trait methylation, eQTM)分析揭示了DNA甲基化标记和基因表达之间的关联。对复杂疾病的大多数eQTM分析集中于顺式-eQTM对(1兆碱基以内)。
目的：本研究旨在确定与患有和未患有特应性哮喘的青年气道上皮基因表达相关的顺式和转甲基标记物。
方法：在这项研究中，研究人员对158名患有特应性哮喘的波多黎各青年和100名无特应性或哮喘的对照受试者的鼻(气道)上皮样本进行了顺式和反式eQTM分析。然后，研究人员试图在两项儿童研究的鼻上皮样本中重复他们的发现，同时检查他们在鼻上皮中的结果是否与来自波多黎各受试者白细胞的eQTM分析结果重叠。
结果：这项研究鉴定了9108个顺式-eQTM对和2131500个反式-eQTM对。转录因子和microRNA靶基因的反式关联显著富集。此外，显著的胞嘧啶-磷酸鸟嘌呤位点(CpGs)在特应性哮喘中差异甲基化，显著的基因富集在特应性哮喘中差异表达的基因。在这项研究中，在波多黎各青年中发现的50.7%到62.6%的顺式和反式eQTM对在两个较小的队列中重复出现，错误发现率校正P < 0.1。反式eQTM分析中的复制基因包括生物学上可能的哮喘易感性基因(如HDC、NLRP3、ITGAE、CDH26和CST1 ),并且富含免疫途径。
结论：研究气道上皮基因表达的顺式和反式表观遗传调控可以识别儿童哮喘的潜在因果和调控途径或网络。
文献来源：Soyeon Kim, et al.Cis- and trans-eQTM analysis reveals novel epigenetic and transcriptomic immune markers of atopic asthma in airway epithelium. JACI. 2023 Jun.2 PMID: 37271320
背景：表达数量性状甲基化(Expression quantitative trait methylation, eQTM)分析揭示了DNA甲基化标记和基因表达之间的关联。对复杂疾病的大多数eQTM分析集中于顺式-eQTM对(1兆碱基以内)。
目的：本研究旨在确定与患有和未患有特应性哮喘的青年气道上皮基因表达相关的顺式和转甲基标记物。
方法：在这项研究中，研究人员对158名患有特应性哮喘的波多黎各青年和100名无特应性或哮喘的对照受试者的鼻(气道)上皮样本进行了顺式和反式eQTM分析。然后，研究人员试图在两项儿童研究的鼻上皮样本中重复他们的发现，同时检查他们在鼻上皮中的结果是否与来自波多黎各受试者白细胞的eQTM分析结果重叠。
结果：这项研究鉴定了9108个顺式-eQTM对和2131500个反式-eQTM对。转录因子和microRNA靶基因的反式关联显著富集。此外，显著的胞嘧啶-磷酸鸟嘌呤位点(CpGs)在特应性哮喘中差异甲基化，显著的基因富集在特应性哮喘中差异表达的基因。在这项研究中，在波多黎各青年中发现的50.7%到62.6%的顺式和反式eQTM对在两个较小的队列中重复出现，错误发现率校正P < 0.1。反式eQTM分析中的复制基因包括生物学上可能的哮喘易感性基因(如HDC、NLRP3、ITGAE、CDH26和CST1 ),并且富含免疫途径。
结论：研究气道上皮基因表达的顺式和反式表观遗传调控可以识别儿童哮喘的潜在因果和调控途径或网络。
文献来源：Soyeon Kim, et al.Cis- and trans-eQTM analysis reveals novel epigenetic and transcriptomic immune markers of atopic asthma in airway epithelium. JACI. 2023 Jun.2 PMID: 37271320
（中国医科大学附属第一医院呼吸与危重症医学科 高与遥 孔灵菲）
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