外周血白细胞转录组学发现新的特应质及过敏性哮喘易感基因
2019/04/10
摘要
背景及目的：早期过敏性（特应性）是过敏性疾病（如成年后发生的哮喘）发展的第一步。儿童和青少年中，与特应质（Atopy）及过敏性哮喘相关的基因和发病途径尚未阐明。
方法：对460名9-20岁波多黎各人和250名瑞典青少年进行了外周血白细胞或全血过敏性和过敏性哮喘的全转录组关联研究。通过路径富集和网络分析进一步评估最新发现，并利用主要差异表达基因的表达水平建立特应质和过敏性哮喘的分类模型。
结果：在对研究队列的荟萃分析中，既往涉及的基因（如IL5RA和IL1RL1）和先前未在TWAS中报道的基因（新基因）均与特应性和/或过敏性哮喘显著相关。证实了新的过敏性特异基因包括SIGLEC8（p=8.07×10-13）、SLC29A1（p=7.07×10-12）和SMPD3（p=1.48×10-11）。表达定量性状位点（eQTL）分析确定了多个与哮喘相关的基因型，如rs2255888/ALOX15。路径富集分析发现在p<0.01时有16个显著富集的路径，包括与Th1和Th2免疫反应相关的路径。使用主要差异表达基因和少数人口统计学/亲代历史变量建立的分类模型可以准确区分过敏性哮喘患者和非过敏性对照受试者（曲线下面积=0.84）。
结论：利用白细胞和全血样本的转录组数据，可以帮助确定儿童和青少年特应质及过敏性哮喘的基因和途径。
文献来源：Yale Jiang, Olena Gruzieva, Ting Wang, et al.Transcriptomics of atopy and atopic asthma in white blood cells from children and adolescents.Eur Resp J 2019; DOI: 10.1183/13993003.00102-2019
背景及目的：早期过敏性（特应性）是过敏性疾病（如成年后发生的哮喘）发展的第一步。儿童和青少年中，与特应质（Atopy）及过敏性哮喘相关的基因和发病途径尚未阐明。
方法：对460名9-20岁波多黎各人和250名瑞典青少年进行了外周血白细胞或全血过敏性和过敏性哮喘的全转录组关联研究。通过路径富集和网络分析进一步评估最新发现，并利用主要差异表达基因的表达水平建立特应质和过敏性哮喘的分类模型。
结果：在对研究队列的荟萃分析中，既往涉及的基因（如IL5RA和IL1RL1）和先前未在TWAS中报道的基因（新基因）均与特应性和/或过敏性哮喘显著相关。证实了新的过敏性特异基因包括SIGLEC8（p=8.07×10-13）、SLC29A1（p=7.07×10-12）和SMPD3（p=1.48×10-11）。表达定量性状位点（eQTL）分析确定了多个与哮喘相关的基因型，如rs2255888/ALOX15。路径富集分析发现在p<0.01时有16个显著富集的路径，包括与Th1和Th2免疫反应相关的路径。使用主要差异表达基因和少数人口统计学/亲代历史变量建立的分类模型可以准确区分过敏性哮喘患者和非过敏性对照受试者（曲线下面积=0.84）。
结论：利用白细胞和全血样本的转录组数据，可以帮助确定儿童和青少年特应质及过敏性哮喘的基因和途径。
文献来源：Yale Jiang, Olena Gruzieva, Ting Wang, et al.Transcriptomics of atopy and atopic asthma in white blood cells from children and adolescents.Eur Resp J 2019; DOI: 10.1183/13993003.00102-2019
（南方医科大学南方医院 黄敏於 赵海金）
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