哮喘患儿鼻咽微生物组织多样性随时间的变化 - 哮喘联盟论坛

鼻咽是哮喘等呼吸道疾病相关的病原体的储库。新一代测序（NGS）已被用于检测婴儿和成人在健康和疾病期间的鼻咽微生物组; 然而，关于来自儿童和青少年的微生物的组成和时间动态（即纵向变化）知之甚少。Marcos Pérez-Losada等的研究使用NGS技术来描述哮喘儿童和青少年（6至18岁）的鼻咽微生物组，并确定它们随时间的稳定性。

该研究选取了来自华盛顿特区40名患有哮喘的儿童和青少年。选取两份间隔5.5至6.5个月的鼻咽洗液作为样本进行分析。使用线性混合效应模型评估微生物多样性和分类群平均相对比例的差异。并且进行核心微生物组分析以鉴定鼻咽部的微生物。

通过16S rRNA V4扩增子的MiSeq测序分析总共80个对应于40个哮喘儿童的鼻微生物组（每个患者相隔5.5至6.5个月的两个样品）。大约86％的序列对应于以下9个属：莫拉氏菌（35.3％），葡萄球菌（13.9％），Dolosigranulum（9.3％），棒状杆菌（8.8％），Prevotella（6.0％），链球菌（4.9％），嗜血杆菌（3.5％），梭杆菌属（3.0％）和奈瑟氏菌属（1.3％）。在此项研究中，一些属显示出与婴儿（棒状杆菌，Dolosigranulum，黄杆菌，嗜血杆菌，普氏菌和链球菌）和成人（棒状杆菌，莫拉氏菌，普氏菌和链球菌）中所见的平均相对比例不同，而其他一些似乎显示出相似的平均相对比例。因此，该比较表明，此处观察到的鼻咽微生物组概况与健康婴儿和成人中观察到的不同。

在95％的水平上，哮喘儿童的鼻咽核心微生物组由莫氏菌属，葡萄球菌属，链球菌属，嗜血杆菌属和梭杆菌属组成。这五个属可能代表哮喘儿童中鼻咽（和可能是气道）微生物的标记[1]。

比较间隔5.5至6.5个月收集的W1（鼻洗1）和W2（鼻洗2）微生物组的PCoA图的Procrustes分析显示两个数据集（M2 = 0.663）之间存在很大差异。微生物谱和W1和W2样品中最丰富的属的成对比较在患者中也有很大差异，一些患者显示细菌平均相对比例增加，一些显示相反趋势，另一些显示无可见的变化。所有这些结果表明，哮喘儿童的鼻咽菌群成员在个体基础上随时间（5.5至6.5个月）而变化。该研究补充了之前的纵向研究，揭示了2,6和12个月大的婴儿患有呼吸道感染和哮喘风险的微生物组成差异[2]。未来的研究评估哮喘期间的微生物演替和宿主-微生物相互作用应该考虑到研究组中的患者内和患者之间的微生物组变异性以及比这里研究的更短时间跨度的时间动态。

为了进一步探索队列中的患者间多样性，该研究同时考虑了样本的非独立性，年龄（年），性别，BMI，NAEPP严重程度和种族背景是否有影响。研究没有发现季节性、群体或任何混杂因素之间的α多样性存在显著差异。到目前为止，如果在儿童和成人中也看到这些差异，目前还没有研究过。该研究表明，鼻咽微生物群落不稳定; 相反，他们会随着时间的推移经历结构重排。鉴于鼻咽暴露，这种纵向变化可能与环境因素（如季节性，饮食，宠物）有关，虽然临床因素（如年龄，体重指数，中性粒细胞计数，药物），解剖多样性（即鼻微环境）和技术偏差（例如，DNA提取方案）也可以发挥作用[3、4]。无论原因是什么，未来鼻咽微生物组的横断面研究都需要注意占据这个人体解剖腔的微生物群的短时动态。

2. TeoSM, Mok D, Pham K, Kusel M, Serralha M, Troy N, et al. The infantnasopharyngeal microbiome impacts severity of lower respiratory infection andrisk of asthma development. Cell Host & Microbe. 2015;17:704–15.

3. Pérez-LosadaM, Crandall KA, Freishtat RJ. Comparison of two commercial DNA extractionkits for the analysis of nasopharyngeal bacterial communities. AIMSMicrobiology. 2016;2(2):108–19.